Como calcular a pontuação lod

2 métodos:

Quando progênie é pequenoQuando o tamanho da progénie é grande

A pontuação LOD, ou logaritmos de probalidades marcar é um teste estatística utilizado na análise de ligação genética. A classificação de LOP compara a probabilidade de obtenção de dados de teste, se os dois loci são ligados para a probabilidade de obtenção de dados de teste, se os dois loci não estão ligados.

passos

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Há dois casos para calcular a pontuação LOD. O mais usado é quando você tem um pequeno número de descendentes. Nesse caso, use o seguinte método chamado "quando o tamanho pequeno é progenitura". Se o tamanho for pequena e a descendência acreditam que o número de recombinantes e não recombinantes representar com precisão a distância genética entre dois genes (que são raras em genética humana), usando o método, com o título "quando o tamanho é grande descendência" .

método 1Quando progênie é pequeno

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Supõe-se uma certa distância genética entre dois genes (entre 0 e 0 e 50 cm). Assume-se que leva a distância genética (R) como 0,1.

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Assume-se que 13 pessoas, dos quais 2 recombinantes. A probabilidade de não-recombinante é 1-r = 1-0,1 = 0,9

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Como você quer manter o controle de cada genótipo, divididos entre 2: (1-R) ​​/ 2 = 0,45. A probabilidade de recombinantes será r / 2 = 0,1 / 2 = 0,05

• A probabilidade de dados, se os dois genes estão ligados é ((R / 2) ^ R) * (((1-R) ​​/ 2) ^ NR) em que R = NR # recombinante e não recombinante = #. Então a probabilidade de dados, se os dois genes estão ligados é ((0,45) ^ 11) * ((. 05) ^ 2)

A probabilidade de dados se os dois não são genes ligados é (0,25) ^ (R + NR) = (0,25) ^ 13

Agora o logaritmo de chances = (probabilidade de dados se os dois genes estão ligados) / (probabilidade de dados se os dois genes não estão ligados). Em seguida, a probabilidade de log = (((0,05) ^ 2) * ((0,45) ^ 11)) / ((0,25) ^ 13) = 25,7

lod score vai log10 (25,7) = 1,41.

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Repita esse processo para r 0, 0,01, 0,03, 0,05, 0,3 e 0,5.

• O LOD máxima pontuação que obtém é a resposta correta. A distância genética lhe assumido é, provavelmente, a distância existente entre os dois genes de interesse.

método 2Quando o tamanho da progénie é grande

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Ele estabelece uma árvore de família para dois loci de interesse. Quanto mais dados cortar em, melhor.

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Determina o número de número recombinante e não recombinante. Por exemplo, assume-se que A1 e B1 alelos em um local provenientes de um dos pais, e A1 e B2 alelos no local 2 são do outro. O legado do A1B1 ou A2B2 não é progênie recombinante, ao passo que o legado do A1B2 progiene ou A2B1 é recombinante.

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Calcule a probabilidade de obter os resultados assumindo que os dois loci estão ligados. É dada por ((R / (NR R +)) ^ R) * ((1- (R / (R + NR))) ^ NR), em que R = número de recombinantes, NR = número de não recombinantes.

• Por exemplo, no grupo de sangue Sistema MNS, M e S estão ligados, e N e S estão ligados. Assumimos que em cada 100 pessoas aleatórias, 25 têm haplótipos MS, 30 haplótipos têm MS, 6 têm haplótipos NS, e 39 têm Ns haplotipo.Como M e S pessoas estão ligadas e N e S estão ligados, MS e NS são não-recombinante, e Ms e NS são recombinantes.

Assim, o número de recombinantes é = R = 30 + 6 = 36, enquanto que o número de não-recombinante é = NR = 25 + 39 = 64. A frequência recombinante é R / (R + NR) = 36 / (36 + 64) = 0,36.

A probabilidade de obter os resultados assumindo que os dois loci estão ligadas é dada por ((0,36) ^ 36) * ((1- (0,36)) ^ 64) = 4,19187538 * 10 ^ -29.

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Calcule a probabilidade de obter os resultados assumindo que os dois loci estão ligados. Eles são dadas por 0,5 ^ (NR + R). No exemplo acima, isto é de 0,5 ^ (64 + 36) = 0,5 ^ 100 = 7,88860905 × 10 ^ -31.

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Divida a probabilidade de obter os resultados assumindo que os dois loci estão ligados (do passo 3 acima), a probabilidade de obter os resultados assumindo que os dois loci não estão ligados (passo 4 acima). Por exemplo, ele é igual a 4.19187538 * 10 ^ -29 / 7,88860905 × 10 ^ -31 = 53,14.

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Tome o logaritmo base 10 do índice obtido acima (passo 5). Por exemplo, ele será igual a 53,14 = 1,73 log.

dicas

• Para a interpretação do LOD marcar um LOD superior a 3,0 é considerada evidência de linhagem. Um escore LOD de 3 indica 1000-1 chances de que a ligação observada não ocorrem por acaso. Por outro lado, um LOD inferior a -2,0 é considerada evidência de excluir uma ligação. No exemplo acima LOD 1,73, o emparelhamento é assumido, mas não confirmada. Aumento do número de pontos de dados aumentar a pontuação LOD se existe o link para análise.

Coisas que você precisa

• calculadora